Le club de Triathlon de Sherbrooke a été fondé en 2000 au sein du Vert et Or de l'Université de Sherbrooke. Dès la première année d’existence du programme de triathlon, le Vert et Or est reconnu par Triathlon Québec comme un des 6 programmes de haute performance en triathlon, visant les coupes du Québec(gr. âges/élite), les championnats canadiens et les championnats du monde universitaire.

Le circuit inter-universitaire provincial d’aquathlon et de triathlon a été mis en place en 2001. Le programme de triathlon du Vert et Or continue une progression constante. Il est orienté vers le recrutement, le développement et l’excellence. À ses débuts, en comptant sur une équipe très peu expérimentée, le Vert et Or se plaçait bien en vue dans le monde du triathlon, classant deux athlètes pour les championnats du monde universitaire au Japon en 2002.

Le Vert et Or termine deuxième lors du championnat canadien universitaire 2003 à Montréal. Totalisant 8 victoires et 58 podiums, les athlètes du Vert et Or sont placés dans des conditions optimales d’entraînement 12 mois par année dans les installations de hauts niveaux de l’Université de Sherbrooke.

Le Vert et Or organise annuellement son invitation Vert et Or d’aquathlon, son invitation de duathlon et son invitation de triathlon. La dynamique du groupe est optimisée par le partenariat avec les programmes de natation et d’athlétisme de l’Université de Sherbrooke.

En 2006, le Club de Triathlon de Sherbrooke s'est dissocié du Vert et Or en formant un organisme sans but lucratif. Un conseil d'administration est formé afin d'aider à la viabilité du club. L'objectif est de permettre aux athlètes motivés de s'entraîner avec un groupe partageant les mêmes valeurs sur la pratique du sport en bonne santé.

C'est également cette même année que le CTS ouvre la section jeunesse du club ainsi que son camp d'été pour jeunes. Le camp d'été de triathlon des jeunes est, depuis lors, devenu un évênement grandement attendu par nos jeunes triathlètes.